Вътрешно гастроентерологично отделение е специализирана структура за стационарна диагностика и лечение на на гастроентерологични заболявания. Това включва остри и изострени хронични заболявания на горен и долен гастроинтестинален тракт, хепатобилярна система, панкреас, далак, както и ултразвукови изследвания на черен дроб, жлъчен мехур, жлъчни пътища, панкреас, далак, ендоскопски изследвания на хранопровод, стомах, дванадесетопръстник, и дебели черва на пациенти над 18 годишна възраст. Отделението се намира на втория етаж на сградата. Клинични пътеки:

- КП 26 Заболявания на горния гастроинтестинален тракт - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 27 Интервенционални процедури при заболявания на гастроинтестиналния тракт с неголям обем и сложност - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 28 Високоспециализирани интервенционални процедури при заболявания на гастроинтестинален тракт - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 29 Болест на Крон и улцерозен колит - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 30 Заболявания на тънкото и дебелото черво - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 30 Ендоскопско и медикаментозно лечение при остро кървене от гастроинтестиналния тракт - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 33 Заболявания на хепатобилиарната система, панкреаса и перитонеума - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 34 Декомпенсирани чернодробни заболявания (цироза) - без пациенти на възраст под 18 години 
- КП 36 Хронични чернодробни заболявания - без пациенти на възраст под 18 годин