Клиниката по детска хирургия в "Пирогов" предлага денонощни консултации, диагностика и хирургично лечение на деца. Приема денонощно пациенти от 0 до 18 г. Началото й е поставено през 1952 г. с отварянето на първата детска спешна коремна хирургия, ръководена от д-р Димитър Панайотов.

Предлага денонощни консултации, диагностика и хирургично лечение на деца. Осъществява методична и консултативна дейност при хирургични проблеми в други педиатрични и хирургични звена в София и страната. Представителите й имат научна и преподавателска дейност в областта на детската хирургия.
Денонощно и безотказно се оказва висококвалифицирана спешна, срочна и планова диагностична и лечебна дейност за деца от 0 до 18 години. Лекуват се деца с вродени и придобити хирургични заболявания на шията, гръдния кош, корема и гениталиите. Като републикански консултативен и лечебен център в клиниката се превеждат и всички най-тежко болни деца с такива заболявания от цялата страна. Приемат се и се лекуват по съответните клинични пътеки на НЗОК всички деца, които потърсят помощ.

Ежегодно се преглеждат над 30 000 деца и се приемат над 10 000 деца за хирургични интервенции. Правят се средногодишно към 3000 операции. Внедрени са редица съвременни диагностични и лечебни методи по собствени научни разработки или по световен опит, които са подобрили диагностиката и лечебните резултати. За пръв път в България е внедрена и се разработва миниинвазивната хирургия при деца – видеоасистирана торакоскопска и лапароскопска хирургия. Извършват се сложни пластични операции от областта на вродената и придобита езофагеална, белодробна, чернодробна и интестиналната патология, колопроктологията, хирургичната онкология. Смъртността при детските хирургични заболявания е редуцирана до нива, сравними с най-добрите световни постижения. Преживяемостта при бебета с вродени аномалии на храносмилателната система е увеличена значително през последните години.
Разполага със собствена детска противошокова зала, което позволява при нужда намесата на различни специалисти да става на място, без да се налага болният да посещава отделно всички диагностични звена.
Изготвен е проект по европейска програма за детска хирургия, по заповед на министъра на здравеопазването, който в момента чака одобрение.