В микробиологичната лаборатория се извършват следните изследвания:

- микробилогична диагностика на горни и долни дихателни пътища

- микробиологична диагностика на урогенитална система

- микробиологична диагностика на септични състояния с автоматизирана система БАКТЕК

- микробиологична диагностика на чревни инфекции

- микробиологична диагностика на раневи инфекции

- възможност за идентификация и определяне на чувствителност към антимикробни средства (вкл. гъби) със съвременна автоматизирана система VITEK и miniAPI

- серологични изследвания за диагностика на ревматоиден артрит и доказване на антистрептолизинов титър