Отделението по патоанатомия започва да функционира със създаването на медицинското заведение. Първоначално основен обект са били проблемите на общата и клинична патология, но при създаването на Националния център за сърдечно-съдови заболявания, то се насочва в областта на възрастовата и детска сърдечно-съдова патология, продължавайки да изпълнява и задачите на общата патология.

• Изследване на цитологични материали
• Изследване на биопсични материали получени по ендоскопски и/или пункционни методи
• Изследване на резекционен и инцизионен хирургичен материал, включително и интраоперативна гефрирна диагностика.
• Извършване на патологоанатомични аутопсии, съдебномедицински аутопсии в присъствие на съдебен медик
• Консултативна дейност на циторогични, биопсични и аутопсионни материали
• Осъществяване на координаторска дейност по програма за тъканно донорство