Отделение по гастроентерология приема пациенти със заболявания на горния и долен стомашно-чревен тракт - възпаления на хранопровода, гастрити, язвена болест, възпаления на жлъчната система, панкреаса и хронични чернодробни заболявания (хепатити и цирози).

Отделението по гатроентерология разполага с най-съвременна апаратура за диагностика и лечение.

В отделението се извършват ендоскопски диагностични процедури на стомашно чревния тракт (гастродуоденоскопия, сигмоидо и колоноскопия) с вземане на биопсии за диагностициране на доброкачествени и злокачествени заболявания. При липса на противопоказания посочените процедури се правят под анестезия.