Основна цел на НЗОК е да осигурява и гарантира свободен и равнопоставен достъп на осигурените лица до медицинска помощ - чрез определен по вид, обхват и обем пакет от здравни дейности, както и свободен избор на изпълнител, сключил договор с районна здравноосигурителна каса.

С дейността си Националната здравноосигурителна каса цели подобряване на качеството на живота на българските граждани чрез регулиране и повишаване на социалната, здравната и икономическата ефективност на разходите за здравеопазване; подобряване на качеството на предоставените услуги и на равнопоставеността при тяхното използване; въвеждане на механизми за достойно заплащане на медицинските специалисти, както и положителна промяна в отношенията между лекар и пациент.

Националната здравноосигурителна каса изпълнява следните функции:

• Осъществява задължителното здравно осигуряване;
• Участва в преговорите и в подписването на Националния рамков договор (НРД) с представителите на съсловните организации на лекарите и стоматолозите;
• Гарантира достъпност и равнопоставеност при обезпечаването на осигурените лица с медицинска помощ в рамките на гарантиран пакет услуги, както и пълно или частично заплащане на лекарствените средства по списъците в НРД;
• Прави анализи и предложения за вида и обема медицинска помощ, по видове медицински дейности и стойността им;
• Управлява резерва от средства на НЗОК и разпределя паричните средства на НЗОК към районните здравноосигурителни каси за осъществяване на задължителното здравно осигуряване;
• Разработва годишен бюджет на НЗОК и се отчита за изпълнението му;
• Разработва модели за заплащане на изпълнителите на медицинска помощ;
• Изгражда, развива и управлява национална информационна система за нуждите на задължителното здравно осигуряване;
• Сключва договори за заплащане на лекарствени средства и консумативи с производители, доставчици и аптеки по списъци на лекарствени средства, утвърдени в НРД;
• Осъществява международна дейност на основата на двустранно и многостранно сътрудничество, и администрира проекти, по които НЗОК е страна;
• Системно информира осигурените лица за мерките по опазване и укрепване на здравето им;
• Осъществява медицински и финансов контрол върху задължителното здравно осигуряване.