Задачата на организацията в началото е била да защитава интересите на лекарското съсловие и да определя техните хонорари. Постепенно нейната роля и функции се разширяват и тя прераства във важен фактор за организиране на медицинската помощ в страната.

Днес Българският лекарски съюз продължава да отстоява интересите на съсловието, които са интереси и на цялото общество - тревожи се от липсата на политическа воля, която да изведе докрай здравната реформа, безпокои се от липсата на ясна стратегия за развитието на здравеопазването в България, както и от големия брой български лекари, избрали да продължат професионалната си реализация в чужбина. Това предпоставя редица срещи, разговори, дискусии с Министерството на здравеопазването, с едноименната парламентарна комисия, с научни и обществени организации, както и изготвянето на проекти за промени в съществуващите закони за съсловните организации, закона за здравето, закона за лечебните заведения и др.

През 2013 г. юридическият отдел на БЛС е извършил сериозна дейност, свързана с подготовката, преговорите, мониторинга и проблеми по приложението на НРД, бюджета и актове на НЗОК, законодателството и подзаконовата нормативна база на институции, свързани със здравното осигуряване. Приети са и:

- проект за допълнение и изменение на Устава на БЛС,

- Общи Правила за добра практика (приети от БЛС и утвърдени от министър на здравеопазването),

- Кодекс на професионалната етика на лекарите в България (приет и публикуван в Държавен вестник).

- Проект на Устав на Балканска медицинска федерация.

- Споразумение с политически партии за законодателни ангажименти в системата на здравеопазването.

Чрез добрите контакти, изградени с международните организации, чийто член е БЛС, се изучава и чуждестранният опит в областта на управление на здравеопазването, търсят се практиките на лекарските камари в системата на продължаващото обучение и квалификация, изработване на правилата за добра практика и остойностяване на медицинския труд.