Целите на ПОБФБ са вписани в устава на организацията и са:

• Защита на професионалните интереси на членовете на организацията;
• Утвърждаване на висок морал и професионализъм у болничните фармацевти и всички нейни членове свързани с болничната фармация;
• Издигане престижа на българската фармация и развитието и сътрудничеството със сродни организации главно на европейско ниво и от страните, членки на Европейския съюз;
• Защита на интересите на хората, свързани със здравеопазването и компетентната фармацевтична помощ;

ПОБФБ ще се стреми да постига тези цели чрез:

• Изготвяне и представяне на свои платформи, програми, становища и др. пред държавни, ведомствени, образователни, стопански обществени институции и организации;
• Участие във формирането на нормативна база, стратегия и политика в здравеопазването, фармацевтичната наука, образованието и промишлеността;
• Проучване, обсъждане и разпространение на съвременните тенденции в развитието на фармацията;
• Създаване на библиотека и издаване на печатен орган;
• Установяване на контакти със сродни сдружения и организации в България и чужбина;
• Провеждане на курсове за повишаване на квалификацията, научни прояви и форуми;
• Изграждане на регистър на болничните фармацевти в България.