Проф. Мутафова завършва медицина в Медицинския университет – София през 1972 г. Започва работа от 1973 г. в Катедра „Социална хигиена и организация на здравеопазването“ на Висшия медицински институт - София на Медицинска академия. Кариерата й е изцяло в Катедрата, като преминава през всички степени на асистент. В 2003 г. става доцент към Катедрата, а през 2009 г. с решение на ВАК е избрана за професор. От 2012 до 2016 г. е ръководител на Катедра „Социална медицина“ при Факултета по обществено здраве на Медицинския университет - София. Има множество специализации в различни страни на света, като Холандия, Великобритания, Малта и др.

Ръководител е на 13 проекта, вкл. 6 международни, на които е координатор за Република България. През 1993 г. е ръководител на проект „Изследване на очакваната продължителност на живота в добро здраве в България“ на Rendering & Virtual Environment with Sound (REVES). От 1996 г. е ръководител на проект „Изучаване на очакваното психично здраве“ на EURO-REVES. В периода 1992 – 2013 г. е координатор за България по проекта „Очаквана продължителност на живота в добро здраве“ по инициатива на Международната мрежа за изучаване на Очакваното здраве REVES със седалище INSERM, Монпелие, Франция. В 2000 г. е ръководител от Българска страна на Международния проект „EURO-REVES ІІІ Изчисления и анализи на очакваната продължителност на живота в добро здраве“ – съвместно с 16 държави от Европа. През 2004 – 2005 г. е ръководител от българска страна на международния проект „Хармонизация на интегралните индикатори за очаквано здраве“, съвместно с 9 страни от Северна Америка, Латинска Америка и Карибите и Европа. В 2005 - 2008 г. е  ръководител на Mеждународния проект за ХОББ по двустранен договор между Италия и България.

Проф. д-р Маргарета Мутафова има над 200 научни и учебни публикации, по проблемите „Здраве на населението“, „Медицинска демография“ и „Очаквано здраве“. Тя е първият изследовател на очакваното здраве за България и страните от Централна и Източна Европа в международната мрежа по изучаване на очакваното здраве - REVES. Има над  50  участия в академични форуми и научни мероприятия по проблемите на очакваното здраве, проведени в Монпелие и Фонтевро (Франция), Лондон (Великобритания), Лайден (Холандия), Чикаго (САЩ), Гуадалахара (Мексико), Хамамет (Тунис), Рим (Италия), Ла-Валета (Малта), Канбера (Австралия), Пекин (Китай). Има над 250 цитирания в чужбина. Проф. Мутафова е автор и съавтор на 5 книги и 9 учебника, от които 4 на английски език. От 1995 до 2016 г. е консултант в Националния статистически институт по провеждане на Националното здравно интервю.

Проф. д-р Маргарета Мутафова е член на Съюза на учените в България, на Международната мрежа за изучаване очакваното здраве на населението (REVES), на Ню-Йоркската академия на науките. От 1998 г.е включена в изданието „Who is Who in the World“.