Ваксините съдържат антигена на заболяването срещу който са създадени. Това е отслабен (атенюиран) жив щам - т.нар. живи ваксини. Или нежива, убита форма на микроорганизма (инактивирани). Живите и умъртвените щамове на инфекциозните агенти обощено се наричат анитгени.  Тези антигени, попадайки в организма, стимулират имунната система, за да се създадат антитела срещу определеното заболяване. Имунната система ги приема като чужди и изгражда защита срещу антигените. По този начин се гради имунитет срещу даденото заболяване и при последваща среща на организма с него, той е защитен.

Живи ваксини

Имунитетът, който те създават е силен и дълготраен. Те наподобяват процеса на инфектиране и отслабват заразното действие на микроба-причинител на заболяването. Живи ваксини има  срещу вирусите на заушката, морбили и варицела. Живите ваксини не се препоръчват за хора с компрометиран имунитет.

Инактивирани ваксини

Антигенът, който те съдържат, е отслабен, най-често посредством  топлина или химически субстанции, като формалин или формалдехид. Това не позволява микроорганизмът да се размножава. Те осигуряват по-краткотрайна защита от живите ваксини и в повечето случаи се налага да бъде извършена повторна ваксинация след определен период от време. Такива ваксини са ваксините срещу грип, холера, полиомиелит, хепатит, бяс.

Според броя на антигените, принадлежащи към един тип заболяване, ваксините биват:

• моновалентни - такива, които съдържат само един антиген, т.е. един щам на микроба, срещу едно заболяване;
• поливалентни - съдържащи няколко антигена или няколко щама, например ваксината срещу полимиелит е тривалентна.

Според броя на антиген/ите, насочени към различни заболявания:

• Моноваксини - съдържат антиген/и само срещу едно заболяване;
• Многокомпонентни/комбинирани ваксини - съдържат антиген/и само срещу едно заболяване. Например ваксината, която се поставя срещу дифтерия, тетанус и коклюш.

Как действат комбинираните ваксини на имунната система

В някои ваксини се добавят помощни вещества, които да увеличат имуногенността на ваксината. Тези вещества се наричат адюванти и спомагат активирането на имунната система.