Наред с полезните бактерии, в храносмилателната система може да навлязат и такива, които причиняват заболявания, например Shigella, Salmonella, някои групи Escherichia coli, Helicobacter,Campylobacter и др.

Храносмилателната система на човека се обитава от микроорганизми, наричани нормална флора или микробиота. В хранопровода и стомаха количеството им е много по-малко, отколкото в тънкото и дебелото черво. Чревната флора в човешкото тяло достига до 2 кг и съдържа около 100 трилиона бактерии. Тези микроорганизми участват в храносмилането, осигуряват енергия, произвеждат витамини и други вещества, разграждат токсини и медикаменти. Те взаимодействат с имунната система и са свързани дори с кръвната група на човека. Наред с полезните бактерии, в храносмилателната система може да навлязат и такива, които причиняват заболявания, например Shigella, Salmonella, някои групи Escherichia coli, Helicobacter,Campylobacter и др.

„При диагностициране  на инфекции в отделителната система на човешкия организъм се използват различни подходи. Когато изследваме кръв и урина, обръщаме внимание на всеки открит микроорганизъм, т.к. нормално тези клинични материали са стерилни. При изследване на стомашно-чревния тракт имаме предвид, че в него се намират повече от 1000 вида бактерии и затова насочено търсим болестотворните”, обяснява микробиологът д-р Сашка Михайлова, д.м.

При стандартното бактериологично изследване на фецес в лаборатория „ЛИНА“ най-често микробиолозите установяват инфекции, причинени от ентеропатогенни Escherichia coli, Shigella и Salmonella. Съществуват и други бактериални патогени, при които изолирането и изготвянето на антибиограма са затруднени поради високата им взискателност. В тези случаи е подходящо прилагането на бързи тестове за доказване на техните антигени. В лаборатория „ЛИНА“ понастоящем използват такива за Helicobacter pylori, Campylobacter и Clostridium difficile. Китовете са на утвърдени производители и тестовете се характеризират с висока чувствителност и специфичност.

Helicobacter  pylori се открива в стомашното съдържимо на около половината от човешката популация. До 85% от инфектираните с бактерията нямат оплаквания. Тъй като киселинността на стомаха е много висока, дълго време се е считало, че в него не могат да преживяват микроорганизми. Откривателите на H. pylori получават Нобелова награда, т.к. се установява връзката на бактерията с гастрита, язвената болест, някои злокачествени тумори на стомаха и дебелото черво.

Бактериите от род Campylobacter са сред най-честите причинители на гастроентерити при хората. Обикновено боледуват малките деца. Мъжете са засегнати по-често от жените. Рисков контингент са хората, които работят във ферми и пътуващите в чужбина. Campylobacter е често срещан в развиващия се свят и посещаващите такива страни са в риск за инфектиране с бактерията. Консумирането на непастьоризирано краве мляко и пилешко месо крие рискове за кампилобактериоза.

Clostridium difficile може да се установи в дебелото черво на човека. Между 5 и 15% от възрастните хора го носят без да имат клинични симптоми. При новородените носителството може да надхвърли 80%. Пациентите с диария, на които се препоръчва бързия тест за доказване на Clostridium difficile и неговите токсини, са от следните групи: приемали антибиотици през последните 3 месеца като използвалите множество антибиотици са с повишен риск за инфекция; на възраст 65 и повече години; с голям брой съпътстващи заболявания; пациенти с потисната имунна система; с оперативни интервенции на храносмилателната система и приемащи медикаменти за намаляване на стомашната киселинност; на продължително лечение в болнични заведения като постъпвалите в отделения за интензивни грижи са с повишен риск за инфекция.

За извършване на всички бързи тестове е необходима фекална проба. Много важно за получаване на достоверен резултат е незабавното доставяне на материала в лабораторията. На пациентите, при които се позитивира тест, е осигурена безплатна консултация с микробиолог. Резултатът излиза за минути, като се предоставя на пациента в рамките на деня.